(1) Direktor: 1) juhib EKMi tegevust ning vastutab selle otstarbeka korralduse eest; 2) esindab EKMi õigusaktides ettenähtud korras; 3) sõlmib, muudab ja lõpetab töölepinguid EKMi töötajatega õigusaktides ettenähtud korras ning kinnitab nende ametijuhendid; 4) kinnitab EKMi sisekorra- ja asjaajamise eeskirjad ning muud töökorralduslikud dokumendid; 5) kinnitab EKMi teaduskollektsioonide kasutamise eeskirjad; 6) kinnitab EKMi struktuuri, olles ära kuulanud teadus- ja haldusnõukogunõukogu arvamuse; 7) annab aru EKMi teadus- ja haldusnõukogulenõukogule ning valdkonna eest vastutavale ministrile ning tagab EKMi muu ettenähtud aruandluse esitamise; 8) korraldab teadus- ja haldusnõukogunõukogu otsuste täitmist; 9) moodustab kirjastamisnõukogu ning kinnitab selle kodukorra; 10) lahendab muid tema pädevusse antud ülesandeid.
(2) Oma pädevuse piires annab direktor käskkirju.
(1) EKMi tegevusega seotud küsimusi lahendab käesolevas põhimääruses sätestatud ulatuses vähemalt 13-liikmeline teadus- ja haldusnõukogunõukogu, mille koosseisu kinnitab EKMi direktori ettepanekul valdkonna eest vastutav minister kuni viieks aastaks.
(2) Teadus- ja haldusnõukoguNõukogu esimees on EKMi direktor. Teadus- ja haldusnõukoguNõukogu valib endale aseesimehe.
(3) Teadus- ja haldusnõukogusseNõukogusse kuuluvad: 1) EKMi direktor; 2) EKMi struktuuriüksuste juhidarhiivinduskompetentsi esindaja; 3) EKMi peamiste uurimisteemade juhidteaduskompetentsi esindaja; 4) EKMi töötajate usaldusisik; 5) Eesti Teaduste Akadeemia
Teadus- ja haldusnõukoguNõukogu: 1) kinnitab EKMi üldise töökorralduse ja töösuunad; 2) kinnitab vajadusel EKMi finantseerimistaotlused ja jätkutaotlused ning nende täitmise aruanded; 3) vaatab vajadusel läbi tegevuse ja muud aruanded, hindab ja kinnitab need; 4) teeb valdkonna eest vastutavale ministrile ettepanekuid EKMi põhimääruse muutmiseks; 5) valib õigusaktides sätestatud korras EKMi akadeemilised töötajad; 6) teeb vajadusel ettepanekuid muudatusteks EKMi struktuuris; 7) korraldab EKMi direktori valimise konkursi; 8) esitab silmapaistvamaid uurimusi ja teadlasi EKMi välisteks autasustamisteks ning kandidaate Eesti Teaduste Akadeemiasse ja annab vastavaid soovitusi; 9) kutsub vajadusel kokku EKMi rahvusvahelise nõuandva kogu ning kinnitab selle töö- ja kodukorra; 10) kinnitab EKMi teadusväljaannete rahvusvaheliste kolleegiumide koosseisu; 11) täidab muid talle pandud ülesandeid.
(1) Teadus- ja haldusnõukoguNõukogu tuleb kokku vähemalt kaks korda aastas nõukogu esimehe, tema äraolekul aseesimehe kutsel või vähemalt ühe kolmandiku liikmete kirjalikul nõudmisel. Koosoleku võib läbi viia ka side- või infotehnoloogiavahendeid kasutades (välja arvatud salajased valimised).
(2) Teadus- ja haldusnõukoguNõukogu on otsustusvõimeline, kui koosolekust võtab vahetult või side- ja infotehnoloogiavahendite abil osa vähemalt pool selle liikmetest.
(3) Otsused võetakse vastu koosolekul lihthäälteenamusega, arvestades ka side- ja infotehnoloogiavahendite kaudu osalevate liikmete hääli. Häälte võrdse jagunemise korral on otsustavaks esimehe, tema äraolekul aseesimehe hääl.
(4) Teadus- ja haldusnõukoguNõukogu otsused protokollitakse. Protokollile kirjutavad alla nõukogu esimees (tema äraolekul aseesimees) ja protokollija.
(1) Rahvusvaheline nõuandev kogu koosneb EKMi põhilisi teadussuundi esindavatest kõrge rahvusvahelise mainega teadlastest ja annab EKMile nõu teadusstrateegilistes küsimustes.
(2) Rahvusvahelise nõuandva kogu liikmete arvu ja koosseisu kinnitab EKMi teadus- ja haldusnõukogunõukogu viieks aastaks.