Rahvusvahelise finantssanktsiooniKommunikatsiooni ja terrorismi rahastamise tõkestamisekoostöö osakonna põhiülesanded on: 1) finantssanktsiooni kohaldamisesise- ja terrorismi rahastamisega seotud teabe vastuvõtmine, kogumine, väljanõudmine, töötlemine, analüüsimine ja kontrollimineväliskommunikatsiooni korraldamine; 2) finantssanktsiooniga seotud päringutele vastamine ning haldusaktide andminekoostöö korraldamine teiste ametiasutuste, välisriikide asjakohaste ametiasutuste ja toimingute tegemine vastavalt rahvusvahelist sanktsiooni kehtestavas või rakendavas õigusaktis sätestatulerahvusvaheliste organisatsioonidega; 3) finantssanktsioonist kõrvalehoidumisele või rikkumiseleametiasutustele ja terrorismi rahastamise kahtlusele ning sellega seotud kuritegudele viitava teabe edastamine uurimisasutustele, prokuratuurile ja teistele pädevatele asutustele; 4) finantssanktsiooni ja terrorismi rahastamise ning sellega seotud kuritegude tõkestamise ja analüüsimise eesmärgil teabe vahetamine vastavalt rahapesu ja terrorismi rahastamise tõkestamise seaduses ning rahvusvahelise sanktsiooni seaduses sätestatuleturuosalistele koolituste korraldamine.
Järelevalveosakonna põhiülesanded on: 1)Organisatsiooni järelevalve tegemine kohustatud isikute tegevuse üleosakonna põhiülesanne on rahapesu ja terrorismi rahastamise tõkestamise seaduse täitmisel ning erikohustusega isikute üle rahvusvahelise sanktsiooni seaduse ja selle alusel kehtestatud õigusaktide täitmisel; 2) rahapesu ja terrorismi rahastamise tõkestamise seaduses sätestatud tegevuslubadega seotud menetluste ja sobivusmenetluste läbiviimine.